Jedna od bezbjedonosnih funkcija, koje WhatsApp podržava, jeste end-to-end enkripcija. To znači da su poruke poslate i primljene preko WhatsAppa enkriptovane, što u teoriji znači da niko ne bi trebalo da ih presretne i pročita njihov sadržaj. Međutim, bezbjedonosni istraživači kompanije Check Point sada sugerišu drugačije.